Hạn chế của nguyên tắc lợi thế so sánh nằm trong các giả định của nó, ví dụ giả định rằng các nhân tố sản xuất có thể dịch chuyển hoàn hảo sẽ nảy sinh hạn chế nếu trên thực tế không được như vậy. Những người sản xuất rượu vang của Anh có thể không dễ dàng tìm được việc làm (chuyển sang sản xuất lúa mỳ) khi nước Anh không sản xuất rượu vang nữa và sẽ thất nghiệp. Nền kinh tế sẽ không toàn dụng nhân công làm cho sản lượng giảm sút. Chính vì thế mặc dù nguyên tắc lợi thế so sánh có thể được tổng quát hoá cho bất kỳ quốc gia nào, với nhiều loại hàng hoá, nhiều loại đầu vào, tỷ lệ các nhân tố sản xuất thay đổi, lợi suất giảm dần khi quy mô tăng... và là nền tảng của thương mại tự do nhưng những hạn chế như ví dụ vừa nêu lại là lập luận để bảo vệ thuế quan cũng như các rào cản thương mại.